EBWin4が最小化になっている状態で，次のようなコマンド引数が効きません。

ebwin4.exe /S=百科辞典

上のように書き込んだのですが，改めてやってみると今度は
きちんとEBWin4にフォーカスが移り，検索文字列も入りました。
バージョンは4.0.21のままです。

逆に，今度は「コマンド引数が効かない現象」が再現できないので，
完全に自分の勘違いかもしれません。
ですので，今回のコメントは却下いたします。
ご迷惑かけました。
（もし現象が再現する方法がわかれば，また書き込みます。）

再現する方法が少しわかってきました。
（「コマンド引数」自体には無関係のようです。）

1. 次の1行だけからなるバッチファイルをデスクトップにおく。
start "" "C:\Program Files (x86)\EBWin4\EBWin4.exe"

2. EBWin4 が起動していない状態で，バッチファイルをダブルクリックで
実行すると，（当然だが）EBWin4 のウィンドウが開く。

3. この EBWin4 のウィンドウを最小化する。

4. もう一度バッチファイルをダブルクリックする。
このとき，確実ではないが次のような傾向があるようです。
・他のプログラムのウィンドウが全くない場合は EBWin4 は元の大きさのウィンドウに戻る。
・他にも多くのプログラムのウィンドウがある場合は EBWin4 は最小化のまま。

時間が経ちましたが，EBWin4 をコマンド引数を付けて呼び出す際に
おかしな現象がやはり生じるので，改めて質問させてください。

まず，多重起動は許可しないよう設定しています。
その上で，例えばコマンドプロンプトから次のように呼び出すとします。

> EBWin4.exe /S=cafe

[現象1] EBWin4が最小化されている状態で，EBWin4を上のように
呼び出しても（EBWin4 は最小化のままで）検索語 cafe が伝わりません。
（幾つか他プログラムのウィンドウがある場合はほぼ確実に再現します。）

[現象2] 検索語 cafe の e にはアクセント記号が付いているとします。
EBWin4が起動していない時には上のように呼び出すと
きちんと「アクセント記号付きの cafe」が検索語にセットされますが，
既にEBWin4が起動している時（最小化状態ではなく通常の大きさ）には，
上のように呼び出すと「アクセント記号なしの cafe」が検索語にセットされます。

自分だけに起きる現象ではないのならば，修正して頂けると嬉しいです。

> 時間が経ちましたが，EBWin4 をコマンド引数を付けて呼び出す際に
> おかしな現象がやはり生じるので，改めて質問させてください。
>
> まず，多重起動は許可しないよう設定しています。
> その上で，例えばコマンドプロンプトから次のように呼び出すとします。
>
> > EBWin4.exe /S=cafe
>
> [現象1] EBWin4が最小化されている状態で，EBWin4を上のように
> 呼び出しても（EBWin4 は最小化のままで）検索語 cafe が伝わりません。
> （幾つか他プログラムのウィンドウがある場合はほぼ確実に再現します。）

手元で確認してみると、
Windows7 再現せず
Windows8.1 100%再現
という結果でしたが、Windows8系列で何かが変わった可能性はあります。
yyさんのOSは何でしょうか。

EBWin3まではVC++とMFCで開発しており、低レベル（OSに近い層）の操作ができたのですが、EBWin4では開発言語をVisual C#にしたため、細かな部分で思うように動かない、かつ解決方法が見つからないことが多々あります。
問題として認識しても、必ずしも修正できるとは限らないことと、
フリーソフトだということもあり、解決方法が発見できるまでこのまま現状維持とさせてください。
現時点では、私はこの問題のC#での解決の方法がわかりません。


>
> [現象2] 検索語 cafe の e にはアクセント記号が付いているとします。
> EBWin4が起動していない時には上のように呼び出すと
> きちんと「アクセント記号付きの cafe」が検索語にセットされますが，
> 既にEBWin4が起動している時（最小化状態ではなく通常の大きさ）には，
> 上のように呼び出すと「アクセント記号なしの cafe」が検索語にセットされます。
>
> 自分だけに起きる現象ではないのならば，修正して頂けると嬉しいです。

時間的余裕があれば見ますが、修正のお約束まではできないので、ご了承ください。

確かに，Windows のバージョンは 8.1 です。
（初めから書くべきのところ，申し訳ありませんでした）

修正はなかなか困難であること，理解しました。

自分は，Webブラウザやテキストエディタから EBWin4 での辞書検索をする時に
コマンド引数を付けた呼び出しをしていますが，現状の EBWin4 のままでも，
上の現象を回避するように使えば，とても便利に使えています。

どうもありがとうございました。