今日調べてわかったので、まずは報告だけ。

Toolkitで変換した世界大百科事典をLogophileで見ると、著者・
関連項目を見られないということはわかっていました。

調べたところ、Logophileは表示開始 - 表示終了区間に検索
キーが存在しない場合、その表示区間自体が存在しないもの
として扱うらしいとわかりました。

世界大百科事典Toolkitでは著者ファイル・関連項目ファイルを
出力しますが、表示開始・表示終了を強制的に埋め込んでいる
にもかかわらず、表示開始から表示終了までの間に検索キーが
ありません。

ここで試しに適当な著者 表示区間に <h2> タグを入れたところ、
その表示区間の著者だけ見えるようになりました。

著者から逆引きするのが好きなので、暇なときに何か考えてみます。

> Toolkitで変換した世界大百科事典をLogophileで見ると、著者・
> 関連項目を見られないということはわかっていました。
>
> 調べたところ、Logophileは表示開始 - 表示終了区間に検索
> キーが存在しない場合、その表示区間自体が存在しないもの
> として扱うらしいとわかりました。
>
> 世界大百科事典Toolkitでは著者ファイル・関連項目ファイルを
> 出力しますが、表示開始・表示終了を強制的に埋め込んでいる
> にもかかわらず、表示開始から表示終了までの間に検索キーが
> ありません。
>
> ここで試しに適当な著者 表示区間に <h2> タグを入れたところ、
> その表示区間の著者だけ見えるようになりました。

なるほど。
しかしLogophileの仕様に合わせてToolkitを変更することはおそらくしないと思います。
有益な情報をありがとうございました。